1、农民对土地的依恋，是产生纠纷的自然原因。我国是传统的农业大国，虽然地大物博，但由于人口众多，土地的总体供应充足与个体分摊的稀少是一对长期的矛盾。一方面我国有广袤的草原、耕地，另一方面，农村特别是东部农村的土地由于受到工业化的侵袭，实际可耕地面积正在日益减少，有些地方甚至无地可种，耕地较多的地方往往工业化程度较低，当地农民对土地的依赖性更强，对土地的依赖性越强，对土地的情感就越深，积淀成“田地边子不让人，老婆孩子不让人”农村历史传统，这种传统思想的沿袭，形成了农村土地纠纷的自然原因。
     2、家农业政策的调整，导致农民收益的变化是产生纠纷的根本原因。改革开放农村实行联产承包责任制，在调动广大农民积极性方面所发挥的作用和取得的成效是显而易见的，正是基于这一成功，农民承包土地30年、50年不变的政策已深入人心，但在政策执行过程中出现的新情况，国家却没有新政策调整，特别是各级政府提高征收农民各种税费标准，加上物价上涨等因素，农民种地无利可图，打击了农民的积极性，一部分人开始外出打工，将土地交由他人或干脆抛荒，当国家发现农村农民负担较重时，适时进行了政策调整，先是费改税，让农民重新看到了种地的希望，后来干脆免征各种税费，甚至对种地农民实行政府补贴，加上粮食价格的提高，外出务工地的农民认识到即使不出家门，土地也会给自己带来比较满意的收入，收益的变化再次使农民种地的积极性高涨起来，对以前抛荒、转手的土地纷纷设法索要。
     3、法律和政策的衔接不协调是纠纷产生的法制性根源。从1983年1月中共中央关于《当前农村经济政策的若干问题》的出台，到2003年3月《中华人民共和国农村土地承包法》、2005年7月最高人民法院《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》的实施，历经20余年的发展过程中，我国对农业土地承包经营中产生纠纷的解决，走过了主要依靠政策调整到以政策调整为主、法律调整为补充，再到政策调整与法律调整并重直到目前主要依靠法律调整的历程。我国多年来农村土地政策不太稳定，几经变化，而土地是不能随着人的观念的改变而随意改变的，法律、政策的多变性和灵活性与土地变动缓慢的过程性、滞后性产生矛盾。例如我国在实行家庭联产承包责任制后，曾经推广过“两田制”，即实行口粮田和责任田两种土地使用制度，而在这种制度被国家认定不利于土地的长期利用之后，很多地区却还在积极的继续施行，与国家政策和法律脱节。2003年新的《农村土地承包法》的颁布，2005年7月最高人民法院《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》的规定，扩大了农民的土地处分权，土地承包最低30年不变，但是因为历史原因形成的土地现状的混乱，使得法律和现实脱节，使良好的法律政策无法实际良性运行。我国法律、政策的多变性，与历史原因形成的农村土地现状混乱，国家农业政策发生了重大变化，而相关规定没有进行及时调整，与保护的价值倾向发生的了偏离，与国家的农村土地政策发生了冲突，没有回到《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国村民委员会组织法》的基本精神上来。给新问题的解决带来了不便。
     4、基层组织社会控制力弱化是纠纷产生的社会性根源。社会转型期使人情社会逐渐走向理性社会，由对人的依赖逐步走向了对物的依赖，人的组织认同感、归属感逐渐淡化，基层组织的社会控制力明显弱化。这一点在农村表现的尤为突出，乡村基层组织自律不严，民主法制意识淡薄，损害群众利益的行为经常发生，对群众的号召力、凝聚力和说服力大大减弱。从调查的情况看所有土地使用权流转、农地征用、及农村集体经济收益分配等纠纷，均是由于村基层组织实施的重大决策没有按照村民委员会组织法的规定运作，没有召开村民大会或村民代表大会方式进行民主决议，损害了农民民主权利和财产权利而引起。群众的利益一旦受到损害，在本地区本组织内难以解决或无法解决后，通过法律途径解决已成为人们的普遍性选择.
     5、土地流转缺乏严格的程序要件是纠纷形成的必然原因，农民承包的土地30年、50年不变的政策，《中华人民共和国土地管理法》和《中华人民共和国村民委员会组织法》也明确规定，农民承包的土地非经法定程序，集体经济组织作为发包方不得随意收回或转包，而村集体经济组织在进行土地流转时，由于法律意识淡薄或法律知识缺乏，使法定的、严肃的程序性问题流于形式，事过境迁，当有争议时，由于当初没有形成多数人认可的书面材料，往往纠纷不能调和诉至法院。